Tots els comerciants del mercat, incloses les parades de pagesos de la Plaça de Sant Galdric i les de flors de la Rambla, formen part de l’Associació de Comerciants de la Boqueria.
Els seus òrgans de govern són l’Assemblea de tots els comerciants,que se celebra com a mínim un cop a l’any, i la Junta directiva, que s’escull per un període de quatre anys i s’encarrega de la gestió del dia a dia. La Junta està formada per president, vicepresidents, tresorer, secretari i vocals, fins a un total de quinze persones.
S’organitza en comissions temàtiques – actualment n’hi ha 6, que s’ocupen de Temes Institucionals i Relacions Públiques, Magatzems, Finances i Administracions, Marxandatge, comunicació i noves tecnologies, Neteja i seguretat, i Aula Boqueria.
A més, l’Associació compta amb un equip professional format per la gerència, la secretaria i el punt d’informació, responsables de donar la millor atenció a comerciants, clients i visitants i de gestionar la imatge del mercat. Com a col·laboradors externs es compta també amb un equip de serveis jurídics i un altre de serveis informàtics.